公司公告显示，南宁糖业将于6月30日前全面关停公司六大直属工厂之一的制糖造纸厂。公司方面解释的关停原因主要有：造纸行业持续整体供过于求，该厂严重亏损；造纸厂位于南宁市中心，目前的状态不符合南宁市的城市规划要求。截至2012年12月31日，该厂固定资产净值为1.8亿元，公司表示将安排该厂员工到南宁糖业下属的其它工厂工作，并合理处置该厂资产。
南宁糖业证券部公司人员表示：“处置该厂资产的具体方案目前已经制定出来了，但是还没有最终的确定，确定之后我们会及时进行公告。”
因两大主营产业制糖业以及造纸业低迷影响，南宁糖业2012年全年亏损3.1亿元，较上年同期减少460.49%，扣除非经常性损益后的净利润下滑幅度更是高达634.16%。而此次全面关停的制糖造纸厂2012年全年的亏损金额就达到了1.02亿元，占南宁糖业亏损总额的三分之一。
某知名券商分析师表示：“公司的两大主业目前都处于行业困境之中，也都没有好转的迹象，同时公司的资金压力也很大，南宁糖业此次关停制糖造纸厂也是无奈之举，公司目前很需要进行生产结构的调整，关停这个工厂有利于公司轻装上阵。但是南宁糖业面临的问题还很多，公司目前很多工厂的产能和管理水平都相对落后，有一些老国企的诟病，要就这些问题进行改善需要资金，而公司现在又没有钱，所以说如果糖价不能有所回升，今年会是南宁糖业比较困难的一年。”
公司2013年一季报显示，南宁糖业报告期内获得营业收入8.23亿元，较上年同期增加12.49%，净利润下滑51.39%，为-8330.83万元。